En Virtualmin para que Drupal deje acceder al directorio donde Let´s Encrpypt genera el archivo de verificación hay que añadir al .htaccess de Drupal lo siguiente
Supongo que esto parece ser una gran solución para el agujero de seguridad de FollowSymlinks.
De hecho, existe una discusión en Drupal para cambiar FollowSymLinks a SymLinksifOwnerMatch: http://drupal.org/node/1269780
Para aquellos que están hospedando a sus clientes actuales, puede actualizar fácilmente el .htaccess para que utilicen SymLinksIfOwnerMatch ejecutando el siguiente comando: